A、应由丙市中级法院管辖
B、可由甲区、乙区、丁区任一法院管辖
C、若5000万元超过区法院一审受案标的，则应由审判员组成合议庭，开庭审理确认申请
D、本案最终经过裁定司法确认的人民调解协议，可以作为强制执行的根据
【答案】ACD
【解析】A项，《民事诉讼法》第194条规定，申请司法确认调解协议，由双方当事人依照人民调解法等法律，自调解协议生效之日起30日内，共同向调解组织所在地基层人民法院提出。B项，两个以上调解组织参与调解的，各调解组织所在地基层法院均有管辖权。C项，司法确认调解协议案件，适用特别程序审理，一般应当由独任庭进行审判。D项，调解协议本质上是私法上的和解，不具有既判力，只有司法确认裁定可以作为强制执行的根据。故选ACD。